Vận hành là công việc quan trọng trong toàn bộ công tác xử lý nước thải. Đây là công việc đòi hỏi không những chỉ kiến thức lý thuyết về các quá trình xử lý mà còn cả về kinh nghiệm trong thực tế. Việc đánh giá chính xác chỉ có thể đạt được trên cơ sở: